常用分子生物学分析软件介绍

常用分子生物学分析软件介绍
1.三维分子类

RASMOL：观看生物分子3D微观立体结构

RasTop：为RasMol 2.7.1的图形用户界面软件

CHIME：直接在浏览器中观看3D分子

MolMol：将pdb等格式的蛋白文件通过微调，存成普通的图形文件

raswin.exe.gz：rasmol(win)2.7.0.1 rasmol新版本及汉化版本

CrystInfo：用来快速、容易地构建、观察与检查晶体3D结构

PDViewer：PDB格式文件的查看程序

Weblab Viewlite：三维分子浏览工具及大量分子文件例子

Weblab ViewerPro：三维分子浏览工具

ICMLite：三维分子浏览工具，有一些其他软件没有的功能

VMD：三维分子浏览工具，可以进行动态显示

CN3D：3D分子结构观察软件

WPDB：PDB文件检索显示分析软件

DTMM：三维分子模型显示、编辑与构建程序

Mole：高性能的大分子三维图形显示计算工具

gopenmol：显示并分析分子结构及其特性

POV-Rayv：生成三维图像工具软件

MolPOV：将PDB文件转化为POV格式文件的软件

Mol2Mol：分子文件格式转换软件

PovChem：将PDB文件转化为POV格式的文件

Ortep-3 for Windows：生成分子的热椭圆形点图

PLATON：通用结晶学软件工具

Mage：读取并演示Kinemage格式文件的专用软件 Prekin ：将PDB格式文件转换为Kinemage格式文件

Swiss-Pdb Viewer：PDB文件显示与分析软件

DINAMO：蛋白序列排队比较编辑与三维模型构建工具

PCMoleeule2 Lite：查看PDB格式文件的免费软件

StrukEd ：化学分子编辑与三维模型生成软件

JMVC：使用JAVA技术编写的三维分子查看器

ReView：读取及分析XYZ格式三维分子文件

Oscail：用来处理、定义与检查小分子单晶的软件包

Moilin：分子构建与观察软件

Tinker：与Moilin配套的DOS下的分子设计建模

Biodesigner：免费的分子建模与显示软件

MoluCAD：全功能的分子建模与显示工具软件 Viewer Activex Control：三维分子显示控件

MarvinView：JAVA语言编写的化学分子二维与三维显示程序

ACD/3D Viewer for ISIS：免费的ISISDraw三维显示插件

Amira：高等三维显示建模系统

AmiraMol：Amira 2.3 相应的显示三维分子的增强工具

Visualize：分子建模和研究软件包

ScientificGL：C++OpenGLAPI三维分子开发工具

Sojourner：找出小蛋白的最小能量构形并实时演示的软件


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2.DNA分析

DNAClub：DNA处理软件

JaMBW：分子生物学软件包

DNATool：功能很全面的DNA序列分析工具包

pDRAW：DNA分析与绘图软件，可绘制线性或环形DNA图

ANNHYB：用来帮助进行PCR引物设计与基因探针设计的软件

RESTRICTION ANALYSIS：限制酶消化工具

ABIView：ABI格式文件显示与编辑软件

Chromas：ABI格式文件显示与编辑软件

Sequence viewer：获取与观察从GSDB获取的DNA序列数据及其关联特性的工具

DNAssist：DNA序列分析工具

DNAProbe：核苷酸序列设计工具

DnaSP：DNA序列种群遗传学分析软件

DFW：DNA分析软件

Artemis R4：以Java语言写成的序列查看工具 ’

ACT R1：以Java语言写成的序列比较查看器

GDA：主要用来进行不连续基因数据的统计分析 RDP：从一组排队比较(Align)的核酸序列中查找潜在的重组体软件

Sequencher：装配DNA小片段为大的连续序列或毗连(序列)群"Contig"软件

MehCalc：自动计算DNA序列热力学数据的Excel电子表格宏软件

基因探索者：中文界面的功能集成、高效、快捷的基因分析软件

ConsInspector：DNA蛋白结合位点预测识别软件

MatInd与Matlnspector：快速匹配DNA序列与已知共有序列的软件工具

GBuilder：JAVA语言编制的用来分析与显示DNA序列的软件

GenomePixelizer：帮助理解基因组中的簇基因(C1ustermggene)之间的相互关系的软件

LabBook Genomic XML Viewer：图形化显示并处理GenBank序列数据的免费软件

Gene Construetion Kit 2 ：管理并显示克隆策略中的分子构建过程软件

Genalysis：比较基因组或大量基因序列的工具软件


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3.RNA分析

RNAdraw：RNA二级结构分析软件

RNAstructure：预测RNA 级结构图

RnaViz：RNA二级结构图绘制程序


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4.蛋白质分析

ANTHEPROT：蛋白序列分析软件包

pSAAM：蛋白序列分析软件包

VHMPT：螺旋状膜蛋白拓扑结构观察与编辑软件

aminoXpress：免费的多功能蛋白分析软件包


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5.生化教学

mmp.zip：将生化代谢中的各种途径用图表的形式表示出来

linpath.zip：线性酶反应模拟软件

protlab：蛋白质纯化仿真软件

MOLMED.ZIP：生化基础概念演示教学程序

Biochem：生化教学文件

photo：光合作用教学程序

Adrenalin：肾上腺素在肝糖原代谢中的作用演示

Virtual Cell Lab：多媒体细胞生物学教学程序


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6.生化工程

brd.zip：生物反应器(发酵罐)设计软件

BioStat：BioStatB发酵罐控制程序

PenSimv：青霉素发酵模拟软件

BioProSim：发酵实时模拟软件


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7.序列格式转换

vised：序列输入分析和格式转换软件

ForCon：多序列文件格式转换软件

SeqVerter：序列格式转换软件

GeneStudio LE Version：序列格式显示、编辑与转换工具软件

FASTA/BLAST SCAN：FASTA与BLAST查询输出文件的处理软件

RevComp：序列格式转换软件


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8.引物分析

primer Premier 5.0：引物设计工具

Oligo：引物分析著名软件

Primer Designer：专门用 pASK-IBA～pPR-IBA表达载体免费的引物设计辅助软件

Array Designer：批量设计DNA和寡核苷酸引物工具

Beacon Designer：PCR定量分析分子信标(Molecularbeacon)设计软件

NetPrimer：基于WEB界面的引物设计程序


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9.序列综合分析

pcgene：分子生物应用软件 MACAW：多序列构建与分析软件

Clustal W：用来对核酸与蛋白序列进行多序列比较的软件

Clustal X：ClustalWWindows界面程序

FASTA：数据库中查找同源序列软件

GeneDoc：对序列进行相关分析等操作

BLAST与Blastcl3：数据库中查找类似序列的软件及客户端软件

SeqPup 0.9：生物分子序列编辑与分析软件

K-Estimator 5.5：进化基因学研究软件，评估两条核酸序列核苷酸替代数

BioEdit：序列编辑器与分析工具软件

DAMBE：综合性序列工具软件

LaserGene：综合性序列工具软件

SeaView：图形化多序列队列编辑器 Jalview：用Java语言写的多序列队列编辑器

DNASIS：序列综合分析工具

Genamics Expression：是一个DNA与蛋白序列分析工具

Vector NTIViewer：载体查看软件

Jellyfish：多功能序列分析软件

ProSeq：核酸序列编辑与种群遗传学分析软件

Gap4 database viewer：Gap4基因装配数据库读取显示软件

SMS：DNA与蛋白序列分析与格式化在线工具集合

Omiga：核酸与蛋白序列综合性分析软件

Staden：综合序列分析工具软件包

Vector NTISuite：综合性蛋白核酸分析工具包

INCA：Java脚本语言写成的BLAST服务器客户端程序

ISYS：NCGR开发的用JAVA语言写成的数个不同类生物信息软件与数据库的软件集合平台

DNA Scriptor：DNA与蛋白序列综合分析软件

Sequence Quickie-Calc：非常紧凑的分子生物学工具软件

PhyloGrapher：用来显示与研究相类似的基因与蛋白序列之间的进化关系的软件


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10.进化树分析

phylip：进化树分析软件，并可绘制进化树

TreeView：进化树处理软件

GeneTree：比较基因与种系进化树的程序

NDE：用来编辑NEXUS格式文件的程序

TreeMap：用来可视化地比较主、从进化树的程序

Spectrum：分析进化信息而不用将之转化为进化树的软件

Phyltools：计算与处理进化树数据的软件

tree-puzzle：核酸序列、蛋白序列相似性分析及进化树构建工具

ATV：JAVA语言编写的显示"New Hampshire"与NHX格式的进化树文件软件

TREECON：构建和绘制进化树的软件包

ProBiosys比较表现型分类法数据和分析计算核酸序列数据距离值的软件


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11.质粒绘图

Plasmid Processor：绘制质粒图软件

Plasmid ProcessorPro：绘制质粒图软件，与Plasmid Processor是同一个作者

WinPlas：质粒绘图软件商业版

DMUP：环状质粒绘图软件测试版

Plasmid Toolkit：质粒绘制软件

pDRAW：DNA分析与绘图软件，可绘制线性或环形DNA图

Redasoft Visual Cloning：是有名的绘制质粒图Redasoft Plasmid 1.1软件的升级版

SimVector：质粒图绘制软件